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C++ Kmer::ReverseComplement方法代码示例

本文整理汇总了C++中Kmer::ReverseComplement方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C++ Kmer::ReverseComplement方法的具体用法?C++ Kmer::ReverseComplement怎么用?C++ Kmer::ReverseComplement使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Kmer的用法示例。


在下文中一共展示了Kmer::ReverseComplement方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。

示例1: Check

bool HashGraph::Check()
{
    for (int64 i = 0; i < (int64)table_size; ++i)
    {
        HashNode *node = table[i];
        while (node != NULL)
        {
            KmerNodeAdapter adapter(node);
            Kmer kmer = adapter.GetNode()->GetKmer();
            for (int strand = 0; strand < 2; ++strand)
            {
                unsigned edges = adapter.OutEdges();

                for (int x = 0; x < 4; ++x)
                {
                    if (edges & (1 << x))
                    {
                        Kmer next = kmer;
                        next.AddRight(x);
                        KmerNode *q = GetNode(next);
                        if (q == NULL)
                        {
                            cout << "null fail" << endl;
                            return false;
                        }

                        if (q->IsDead())
                        {
                            cout << "deadend fail" << endl;
                            return false;
                        }

                        KmerNodeAdapter adp(q, next);

                        if (((1 << (3 - kmer.GetBase(0))) & adp.InEdges()) == 0)
                        {
                            cout << (int)kmer.GetBase(0) << " " << (int)adp.InEdges() << endl;
                            cout << "no in edge fail" << endl;
                            return false;
                        }
                    }
                }

                kmer.ReverseComplement();
                adapter.ReverseComplement();
            }

            node = node->next;
        }
    }

    return true;
}
开发者ID:brettin,项目名称:hku-idba,代码行数:53,代码来源:HashGraph.cpp


注:本文中的Kmer::ReverseComplement方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。