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R recipes step_spatialsign 空間符號預處理


step_spatialsign() 是配方步驟的規範,該步驟將數值數據轉換為單位球體上的投影。

用法

step_spatialsign(
  recipe,
  ...,
  role = "predictor",
  na_rm = TRUE,
  trained = FALSE,
  columns = NULL,
  skip = FALSE,
  id = rand_id("spatialsign")
)

參數

recipe

一個菜譜對象。該步驟將添加到此配方的操作序列中。

...

一個或多個選擇器函數用於為此步驟選擇變量。有關更多詳細信息,請參閱selections()

role

對於此步驟創建的模型項,應為其分配什麽分析角色?默認情況下,此步驟根據原始變量創建的新列將用作模型中的預測變量。

na_rm

邏輯:是否應該從範數計算中刪除缺失數據?

trained

指示預處理數量是否已估計的邏輯。

columns

所選變量名稱的字符串。該字段是一個占位符,一旦使用 prep() 就會被填充。

skip

一個合乎邏輯的。當bake() 烘焙食譜時是否應該跳過此步驟?雖然所有操作都是在 prep() 運行時烘焙的,但某些操作可能無法對新數據進行(例如處理結果變量)。使用skip = TRUE時應小心,因為它可能會影響後續操作的計算。

id

該步驟特有的字符串,用於標識它。

recipe 的更新版本,將新步驟添加到任何現有操作的序列中。

細節

空間符號變換將變量投影到單位球麵上,並與全局對比度歸一化相關。向量 w 的空間符號是 w/norm(w)

在計算之前應該對變量進行居中和縮放。

整理

當您tidy()此步驟時,將返回帶有列terms(將受影響的列)的tibble。

箱重

此步驟執行可以利用案例權重的無監督操作。因此,隻允許使用頻率權重。有關更多信息,請參閱 case_weights 中的文檔和 tidymodels.org 中的示例。

與大多數步驟不同,此步驟要求在處理新樣本時(例如,使用 bake() 或使用工作流程的 predict() 時)提供案例權重。要告訴食譜烘焙時需要箱重,請使用 recipe %>% update_role_requirements(role = "case_weights", bake = TRUE) 。有關詳細信息,請參閱update_role_requirements()

參考

Serneels, S.、De Nolf, E. 和 Van Espen, P. (2006)。空間符號預處理:一種為多元估計器提供適度魯棒性的簡單方法。化學信息與建模雜誌,46(3), 1402-1409。

例子

data(biomass, package = "modeldata")

biomass_tr <- biomass[biomass$dataset == "Training", ]
biomass_te <- biomass[biomass$dataset == "Testing", ]

rec <- recipe(
  HHV ~ carbon + hydrogen + oxygen + nitrogen + sulfur,
  data = biomass_tr
)

ss_trans <- rec %>%
  step_center(carbon, hydrogen) %>%
  step_scale(carbon, hydrogen) %>%
  step_spatialsign(carbon, hydrogen)

ss_obj <- prep(ss_trans, training = biomass_tr)

transformed_te <- bake(ss_obj, biomass_te)

plot(biomass_te$carbon, biomass_te$hydrogen)


plot(transformed_te$carbon, transformed_te$hydrogen)


tidy(ss_trans, number = 3)
#> # A tibble: 2 × 2
#>   terms    id               
#>   <chr>    <chr>            
#> 1 carbon   spatialsign_Geidk
#> 2 hydrogen spatialsign_Geidk
tidy(ss_obj, number = 3)
#> # A tibble: 2 × 2
#>   terms    id               
#>   <chr>    <chr>            
#> 1 carbon   spatialsign_Geidk
#> 2 hydrogen spatialsign_Geidk
源代碼:R/spatialsign.R

相關用法


注:本文由純淨天空篩選整理自Max Kuhn等大神的英文原創作品 Spatial Sign Preprocessing。非經特殊聲明,原始代碼版權歸原作者所有,本譯文未經允許或授權,請勿轉載或複製。