本文整理匯總了Python中svtools.vcf.file.Vcf.sample_to_col方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Vcf.sample_to_col方法的具體用法？Python Vcf.sample_to_col怎麽用？Python Vcf.sample_to_col使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類svtools.vcf.file.Vcf的用法示例。
在下文中一共展示了Vcf.sample_to_col方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: test_all
# 需要導入模塊: from svtools.vcf.file import Vcf [as 別名]
# 或者: from svtools.vcf.file.Vcf import sample_to_col [as 別名]
def test_all(self):
header_lines = [
'##fileformat=VCFv4.2',
'##fileDate=20090805',
'##source=myImputationProgramV3.1',
'##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta',
'##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B36,md5=f126cdf8a6e0c7f379d618ff66beb2da,species="Homo sapiens",taxonomy=x>',
'##phasing=partial',
'##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">',
'##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">',
'##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">',
'##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">',
'##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129">',
'##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description="HapMap2 membership">',
'##ALT=<ID=DEL,Description="DELETION">',
'##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">',
'##FILTER=<ID=s50,Description="Less than 50% of samples have data">',
'##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">',
'##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">',
'##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">',
'##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">',
'#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003']
v = Vcf()
v.add_header(header_lines)
expected_header_lines = header_lines
expected_header_lines[1] = '##fileDate=' + time.strftime('%Y%m%d')
self.assertEqual(v.get_header(), '\n'.join(expected_header_lines))
v.add_sample('ScottPilgrim')
self.assertEqual(v.sample_to_col('ScottPilgrim'), 12)