本文整理匯總了Python中svtools.vcf.file.Vcf.add_info_after方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Vcf.add_info_after方法的具體用法？Python Vcf.add_info_after怎麽用？Python Vcf.add_info_after使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類svtools.vcf.file.Vcf的用法示例。
在下文中一共展示了Vcf.add_info_after方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: test_add_info_after
# 需要導入模塊: from svtools.vcf.file import Vcf [as 別名]
# 或者: from svtools.vcf.file.Vcf import add_info_after [as 別名]
def test_add_info_after(self):
header_lines = [
'##fileformat=VCFv4.2',
'##fileDate=20090805',
'##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta',
'##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">',
'##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">',
'##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">',
'#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003']
extra_line = '##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129">'
v = Vcf()
v.add_header(header_lines)
v.add_info_after('DP', 'DB', 0, 'Flag', 'dbSNP membership, build 129')
expected_lines = header_lines[0:4] + [extra_line] + header_lines[4:]
expected_lines[1] = '##fileDate=' + time.strftime('%Y%m%d')
self.assertEqual(v.get_header(), '\n'.join(expected_lines))
v2 = Vcf()
v2.add_header(header_lines)
v2.add_info_after('AF', 'DB', 0, 'Flag', 'dbSNP membership, build 129')
expected_lines2 = header_lines[0:5] + [extra_line] + header_lines[5:]
expected_lines2[1] = '##fileDate=' + time.strftime('%Y%m%d')
self.assertEqual(v2.get_header(), '\n'.join(expected_lines2))