當前位置: 首頁>>代碼示例>>Python>>正文

Python MoleculeMatcher.fit方法代碼示例

本文整理匯總了Python中pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher.fit方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python MoleculeMatcher.fit方法的具體用法？Python MoleculeMatcher.fit怎麽用？Python MoleculeMatcher.fit使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher的用法示例。


在下文中一共展示了MoleculeMatcher.fit方法的5個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。

示例1: fit_with_mapper

# 需要導入模塊: from pymatgen.analysis.molecule_matcher import MoleculeMatcher [as 別名]
# 或者: from pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher import fit [as 別名]
    def fit_with_mapper(self, mapper):
        coords = [[0.000000, 0.000000, 0.000000],
                  [0.000000, 0.000000, 1.089000],
                  [1.026719, 0.000000, -0.363000],
                  [-0.513360, -0.889165, -0.363000],
                  [-0.513360, 0.889165, -0.363000]]
        mol1 = Molecule(["C", "H", "H", "H", "H"], coords)
        op = SymmOp.from_origin_axis_angle([0, 0, 0], [0.1, 0.2, 0.3], 60)
        rotcoords = [op.operate(c) for c in coords]
        mol2 = Molecule(["C", "H", "H", "H", "H"], rotcoords)
        mm = MoleculeMatcher(mapper=mapper)
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "benzene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "benzene2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "benzene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t2.xyz"))
        self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "c1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "c2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "j1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "j2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "ethene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "ethene2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "toluene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "toluene2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cyclohexane1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cyclohexane2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "oxygen1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "oxygen2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.001, mapper=mapper)
        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
        self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))
開發者ID:AtlasL，項目名稱:pymatgen，代碼行數:55，代碼來源:test_molecule_matcher.py

示例2: test_cdi_23

# 需要導入模塊: from pymatgen.analysis.molecule_matcher import MoleculeMatcher [as 別名]
# 或者: from pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher import fit [as 別名]
 def test_cdi_23(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cdi_23_1.xyz"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cdi_23_2.xyz"))
     self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))
開發者ID:AtlasL，項目名稱:pymatgen，代碼行數:7，代碼來源:test_molecule_matcher.py

示例3: test_strange_inchi

# 需要導入模塊: from pymatgen.analysis.molecule_matcher import MoleculeMatcher [as 別名]
# 或者: from pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher import fit [as 別名]
 def test_strange_inchi(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "k1.sdf"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "k2.sdf"))
     self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))
開發者ID:AtlasL，項目名稱:pymatgen，代碼行數:7，代碼來源:test_molecule_matcher.py

示例4: test_thiane_ethynyl

# 需要導入模塊: from pymatgen.analysis.molecule_matcher import MoleculeMatcher [as 別名]
# 或者: from pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher import fit [as 別名]
 def test_thiane_ethynyl(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "thiane_ethynyl1.sdf"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "thiane_ethynyl2.sdf"))
     self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))
開發者ID:AtlasL，項目名稱:pymatgen，代碼行數:7，代碼來源:test_molecule_matcher.py

示例5: test_thiane

# 需要導入模塊: from pymatgen.analysis.molecule_matcher import MoleculeMatcher [as 別名]
# 或者: from pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher import fit [as 別名]
 def test_thiane(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = read_mol(os.path.join(test_dir, "thiane1.sdf"))
     mol2 = read_mol(os.path.join(test_dir, "thiane2.sdf"))
     self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))
開發者ID:bcbwilla，項目名稱:pymatgen，代碼行數:7，代碼來源:test_molecule_matcher.py


注：本文中的pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher.fit方法示例由純淨天空整理自Github/MSDocs等開源代碼及文檔管理平台，相關代碼片段篩選自各路編程大神貢獻的開源項目，源碼版權歸原作者所有，傳播和使用請參考對應項目的License；未經允許，請勿轉載。