本文整理匯總了Python中Helper.Helper.convertPhred64toPhred33方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Helper.convertPhred64toPhred33方法的具體用法？Python Helper.convertPhred64toPhred33怎麽用？Python Helper.convertPhred64toPhred33使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類Helper.Helper的用法示例。
在下文中一共展示了Helper.convertPhred64toPhred33方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: __init__
# 需要導入模塊: from Helper import Helper [as 別名]
# 或者: from Helper.Helper import convertPhred64toPhred33 [as 別名]
def __init__(self,rnaEdit):
'''
Constructor
'''
self.rnaEdit=rnaEdit
"""
#check read Quality encoding and convert to phred33 quality if necessary
for i in range(len(self.rnaEdit.fastqFiles)):
if Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[i], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False:
self.rnaEdit.fastqFiles[i]=Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[i],self.rnaEdit.params.output+ "_" + str(i+1) + "_phred33.fastq",self.rnaEdit.logFile,self.rnaEdit.textField)
"""
#set fastQ files and check if the qualitys have to be converted
if self.rnaEdit.params.paired==True:
if Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[0], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False or Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[1], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False:
self.fastqFile1 = Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[0],self.rnaEdit.params.output+ "_1_phred33.fastq",self.rnaEdit.logFile,self.rnaEdit.textField)
self.fastqFile2 = Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[1],self.rnaEdit.params.output+ "_2_phred33.fastq",self.rnaEdit.logFile,self.rnaEdit.textField)
else:
self.fastqFile1=self.rnaEdit.fastqFiles[0]
self.fastqFile2=self.rnaEdit.fastqFiles[1]
elif self.rnaEdit.params.paired==False:
if Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[0], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False:
self.fastqFile1 = Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[0], self.rnaEdit.params.output + "_1_phred33.fastq", self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField)
else:
self.fastqFile = self.rnaEdit.fastqFiles[0]