本文整理汇总了Python中utils.Atom_utils.find_atom方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Atom_utils.find_atom方法的具体用法？Python Atom_utils.find_atom怎么用？Python Atom_utils.find_atom使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类utils.Atom_utils的用法示例。
在下文中一共展示了Atom_utils.find_atom方法的3个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: get_atom_index
# 需要导入模块: from utils import Atom_utils [as 别名]
# 或者: from utils.Atom_utils import find_atom [as 别名]
def get_atom_index(self, key):
residue_type = Atom_utils._get_residue_type(key[0], key[1])
atom_name = key[2]
residue_key = list(key)
residue_key[2] = self.translations.setdefault((residue_type,atom_name),atom_name)
residue_key = tuple(residue_key)
target_atom_index = Atom_utils.find_atom(*residue_key)[0].index()
return target_atom_index示例2: _process_observed_shift_map
# 需要导入模块: from utils import Atom_utils [as 别名]
# 或者: from utils.Atom_utils import find_atom [as 别名]
def _process_observed_shift_map(self,shift_data):
result = {}
for key in shift_data:
if len(key) == 2:
search_key = '*',key[0],key[1]
else:
search_key = tuple(key)
if len(search_key) == 3:
#TODO move Base_potential components to utilities
atoms = Atom_utils.find_atom(*search_key)
for atom in atoms:
result[atom.index()] = shift_data[key]
else:
template = """key with unexpected length should be either 'segid,residue_no,atom_name'
or 'residue_no,atom_name' but i got '%s'"""
msg = template % `key`
raise Exception(msg)
return result示例3: single_text_key_to_atom_ids
# 需要导入模块: from utils import Atom_utils [as 别名]
# 或者: from utils.Atom_utils import find_atom [as 别名]
def single_text_key_to_atom_ids(key,segment = "*"):
residue_number, atom_name = key
atoms = Atom_utils.find_atom(segment, residue_number, atom_name)
return [atom.index() for atom in atoms]