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Python File.alignment_workflow_name方法代码示例

本文整理汇总了Python中synapseclient.File.alignment_workflow_name方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python File.alignment_workflow_name方法的具体用法?Python File.alignment_workflow_name怎么用?Python File.alignment_workflow_name使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在synapseclient.File的用法示例。


在下文中一共展示了File.alignment_workflow_name方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: Activity

# 需要导入模块: from synapseclient import File [as 别名]
# 或者: from synapseclient.File import alignment_workflow_name [as 别名]
provenance = Activity(name=meta_data['activity'],
                      desciption=meta_data['description'],
                      used = meta_data['used']
                      exectuted = meta_data['used']
                )
#prov = syn.store(prov)

name  = of.path.basename(input_path)
#Add metadata to files to be uploaded
f = File(input_path, name = name, parentId=DST_FOLDER)
f.dataType = meta_data['dataType']
f.fileType = meta_data['dataType']
f.variant_workflow = meta_data['workflow']
f.variant_workflow_version = meta_data['workflowVersion']
f.call_type = call_type
f.reference_build = meta_data['referenceBuild']
f.center_name = meta_data['center_name']
f.file_md5 = synapseclient.utils.md5_for_file(input_path)
f.study = 'PCAWG 2.0'
f.submitter_donor_id = meta_data['donor_id']
f.alignment_workflow_name='Workflow_Bundle_BWA (UCSC Implementation)'
f.alignment_workflow_source_url='https://github.com/kellrott/tcga_realign'
f.alignment_workflow_version='2.6.0'


#Store metadata and file to Synapse
#f = syn.store(f, activity = provenance)

#Add Description
#wiki = synapseclient.Wiki(TITLE, f, DESCRIPTION)
#wiki = syn.store(wiki)
开发者ID:ChristopherWilks,项目名称:pcawg_tools,代码行数:33,代码来源:synapse_vcf_upload.py


注:本文中的synapseclient.File.alignment_workflow_name方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。