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Python GenomicRegionSet.sequences方法代码示例

本文整理汇总了Python中rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet.sequences方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python GenomicRegionSet.sequences方法的具体用法?Python GenomicRegionSet.sequences怎么用?Python GenomicRegionSet.sequences使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet的用法示例。


在下文中一共展示了GenomicRegionSet.sequences方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: dbd_regions

# 需要导入模块: from rgt.GenomicRegionSet import GenomicRegionSet [as 别名]
# 或者: from rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet import sequences [as 别名]
    def dbd_regions(self, sig_region, output):
        """Generate the BED file of significant DBD regions and FASTA file of the sequences"""
        dbd_regions(exons=self.rna_regions, sig_region=sig_region, rna_name=self.rna_name, output=output)

        self.stat["DBD_all"] = str(len(self.rbss))
        self.stat["DBD_sig"] = str(len(self.data["region"]["sig_region"]))

        sigDBD = GenomicRegionSet("DBD_sig")
        sigDBD.sequences = self.data["region"]["sig_region"]
        rbss = self.txp.get_rbs()
        overlaps = rbss.intersect(y=sigDBD, mode=OverlapType.ORIGINAL)
        self.stat["DBSs_target_DBD_sig"] = str(len(overlaps))
开发者ID:eggduzao,项目名称:reg-gen,代码行数:14,代码来源:tdf_regiontest.py


注:本文中的rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet.sequences方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。