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Python Job.options方法代码示例

本文整理汇总了Python中qiita_db.job.Job.options方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Job.options方法的具体用法?Python Job.options怎么用?Python Job.options使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在qiita_db.job.Job的用法示例。


在下文中一共展示了Job.options方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: _build_analysis_files

# 需要导入模块: from qiita_db.job import Job [as 别名]
# 或者: from qiita_db.job.Job import options [as 别名]
def _build_analysis_files(analysis, r_depth=None, **kwargs):
    """Creates the biom tables and mapping file, then adds to jobs

    Parameters
    ----------
    analysis : Analysis object
        The analysis to build files for
    r_depth : int, optional
        Rarefaction depth for biom table creation. Default None
    """
    # create the biom tables and add jobs to the analysis
    analysis.status = "running"
    analysis.build_files(r_depth)
    mapping_file = analysis.mapping_file
    biom_tables = analysis.biom_tables

    # add files to existing jobs
    for job_id in analysis.jobs:
        job = Job(job_id)
        if job.status == 'queued':
            opts = {
                "--otu_table_fp": biom_tables[job.datatype],
                "--mapping_fp": mapping_file
            }
            job_opts = job.options
            job_opts.update(opts)
            job.options = job_opts
开发者ID:BrindhaBioinfo,项目名称:qiita,代码行数:29,代码来源:analysis_pipeline.py


注:本文中的qiita_db.job.Job.options方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。