本文整理汇总了Python中pytadbit.Chromosome.set_max_tad_size方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Chromosome.set_max_tad_size方法的具体用法？Python Chromosome.set_max_tad_size怎么用？Python Chromosome.set_max_tad_size使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pytadbit.Chromosome的用法示例。
在下文中一共展示了Chromosome.set_max_tad_size方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: process
# 需要导入模块: from pytadbit import Chromosome [as 别名]
# 或者: from pytadbit.Chromosome import set_max_tad_size [as 别名]
def process():
if ( options.outputFilename != "" ):
outfilefileprefix=options.outputDir+options.outputFilename
else:
outfilefileprefix=options.outputDir+os.path.basename(args[0])
for matrixFile in xrange(len(args)):
sample=os.path.splitext(os.path.basename(args[matrixFile]))[0].split(".matrix")[0]
chr = sample.rsplit(".",1)[-1]
sample = sample.rsplit(".",1)[0]
chrom = Chromosome(name=chr, centromere_search=True, species=options.species, assembly=options.assembly)
chrom.set_max_tad_size(5000000)
chrom.add_experiment(sample, exp_type='Hi-C', identifier=sample,
hic_data=args[matrixFile], resolution=options.resolution)
exp = chrom.experiments[sample]
exp.normalize_hic(silent=True)
chrom.find_tad(sample, n_cpus=options.threads, normalized=True, verbose=False)
exp.write_tad_borders(outfilefileprefix+"."+chr+".border")
# chrom.tad_density_plot(sample,savefig=outfilefileprefix+".density."+chr+".pdf")
chrom.visualize(exp.name, paint_tads=True, savefig=outfilefileprefix+"chr."+chr+".pdf")
chrom.save_chromosome(outfilefileprefix+"chr."+chr+".tdb", force=True)