本文整理汇总了Python中pytadbit.Chromosome.find_TAD方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Chromosome.find_TAD方法的具体用法？Python Chromosome.find_TAD怎么用？Python Chromosome.find_TAD使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pytadbit.Chromosome的用法示例。
在下文中一共展示了Chromosome.find_TAD方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: tad_clustering
# 需要导入模块: from pytadbit import Chromosome [as 别名]
# 或者: from pytadbit.Chromosome import find_TAD [as 别名]
def tad_clustering(self):
test_chr = Chromosome(name="Test Chromosome", resolution=20000)
test_chr.add_experiment("chrT/chrT_A.tsv", name="exp1")
test_chr.find_TAD(["exp1"])
all_tads = list(test_chr.iter_tads("exp1"))
align1, align2 = optimal_cmo(all_tads[4], all_tads[8], 9)
self.assertEqual(align1, [1, 2, "-", "-", "-", "-", 3, "-", 4, 5, 6, "-", 7, 8])
self.assertEqual(align2, [2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15])