本文整理汇总了Python中pysnptools.snpreader.Bed.standardize方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Bed.standardize方法的具体用法？Python Bed.standardize怎么用？Python Bed.standardize使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pysnptools.snpreader.Bed的用法示例。
在下文中一共展示了Bed.standardize方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: print
# 需要导入模块: from pysnptools.snpreader import Bed [as 别名]
# 或者: from pysnptools.snpreader.Bed import standardize [as 别名]
args.pcs,
sep="\t",
usecols=[0, 1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14],
# names=['FID','IID','PC1','PC2','PC3','PC4','PC5','PC6','PC7','PC8','PC9','PC10'],
header=0,
)
fam_df = pd.read_csv(args.bfile + ".fam", delim_whitespace=True, usecols=[0, 1], names=["FID", "IID"])
merged_df = pd.merge(fam_df, pcs_df, on="IID").set_index("IID")
pcs = merged_df.ix[fam_df.ix[:, 1], 2:]
Q, R = np.linalg.qr(pcs)
print("reading dataset")
dataset = Bed(args.bfile).read().standardize()
dataset.standardize()
import pdb
pdb.set_trace()
Bed.write("temp", dataset)
print("projecting data")
X_Q = Q.T.dot(dataset.val)
print("unprojecting")
X_rr = Q.dot(X_Q)
print("subtracting out population structure")
X = dataset.val - X_rr