本文整理汇总了Python中pysnptools.snpreader.Bed.iid_to_index方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Bed.iid_to_index方法的具体用法？Python Bed.iid_to_index怎么用？Python Bed.iid_to_index使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pysnptools.snpreader.Bed的用法示例。
在下文中一共展示了Bed.iid_to_index方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: Bed
# 需要导入模块: from pysnptools.snpreader import Bed [as 别名]
# 或者: from pysnptools.snpreader.Bed import iid_to_index [as 别名]
# [ 5 4001 4001]
# [ 5 4002 4002]
# ...,
# [ 5 4997 4997]
# [ 5 4998 4998]
# [ 5 4999 4999]]
#In one-line:
chr5data = Bed("all.bed")[:,snpreader.pos[:,0] == 5].read()
# You can turn iid or sid names into indexes
snpreader = Bed("all.bed")
iid0 =[['cid499P1','cid499P1'],
['cid489P1','cid489P1'],
['cid479P1','cid479P1']]
indexes0 = snpreader.iid_to_index(iid0)
print indexes0
#array([499, 489, 479])
snpreader0 = snpreader[indexes0,:]
print snpreader0.iid
#[['cid499P1' 'cid499P1']
# ['cid489P1' 'cid489P1']
# ['cid479P1' 'cid479P1']]
# more condensed
snpreader0 = snpreader[snpreader.iid_to_index(iid0),:]
#both a once
snpdata0chr5 = snpreader[snpreader.iid_to_index(iid0),snpreader.pos[:,0] == 5].read()
print np.mean(snpdata0chr5.val)
# 1.493