本文整理汇总了Python中pymatgen.Structure.replace方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Structure.replace方法的具体用法？Python Structure.replace怎么用？Python Structure.replace使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pymatgen.Structure的用法示例。
在下文中一共展示了Structure.replace方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_unique_structure_substitutions
# 需要导入模块: from pymatgen import Structure [as 别名]
# 或者: from pymatgen.Structure import replace [as 别名]
def test_unique_structure_substitutions( self ):
# integration test
# Create a pymatgen structure with 16 sites in a 4x4 square grid
coords = np.array( [ [ 0.0, 0.0, 0.0 ],
[ 0.25, 0.0, 0.0 ],
[ 0.5, 0., 0.0 ],
[ 0.75, 0.0, 0.0 ],
[ 0.0, 0.25, 0.0 ],
[ 0.25, 0.25, 0.0 ],
[ 0.5, 0.25, 0.0 ],
[ 0.75, 0.25, 0.0 ],
[ 0.0, 0.5, 0.0 ],
[ 0.25, 0.5, 0.0 ],
[ 0.5, 0.5, 0.0 ],
[ 0.75, 0.5, 0.0 ],
[ 0.0, 0.75, 0.0 ],
[ 0.25, 0.75, 0.0 ],
[ 0.5, 0.75, 0.0 ],
[ 0.75, 0.75, 0.0 ] ] )
atom_list = [ 'Li' ] * len( coords )
lattice = Lattice.from_parameters( a = 3.0, b=3.0, c=3.0, alpha=90, beta=90, gamma=90 )
parent_structure = Structure( lattice, atom_list, coords )
parent_structure.replace( 0, 'O' ) # substitute one site with 'O'
ns = unique_structure_substitutions( parent_structure, 'Li', { 'Na':1, 'Li':14 } )
self.assertEqual( len( ns ), 5 )
distances = np.array( sorted( [ s.get_distance( s.indices_from_symbol('O')[0], s.indices_from_symbol('Na')[0] ) for s in ns ] ) )
np.testing.assert_array_almost_equal( distances, np.array( [ 0.75 , 1.06066 , 1.5 , 1.677051, 2.12132 ] ) )
np.testing.assert_array_equal( np.array( sorted( [ s.number_of_equivalent_configurations for s in ns ] ) ), np.array( [ 1, 2, 4, 4, 4 ] ) )
np.testing.assert_array_equal( np.array( sorted( [ s.full_configuration_degeneracy for s in ns ] ) ), np.array( [ 1, 2, 4, 4, 4 ] ) )