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Python ConfigUtils.createTemplateFP方法代码示例

本文整理汇总了Python中oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils.createTemplateFP方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python ConfigUtils.createTemplateFP方法的具体用法?Python ConfigUtils.createTemplateFP怎么用?Python ConfigUtils.createTemplateFP使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils的用法示例。


在下文中一共展示了ConfigUtils.createTemplateFP方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: createVcfHeader

# 需要导入模块: from oncotator.utils.ConfigUtils import ConfigUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils import createTemplateFP [as 别名]
    def createVcfHeader(self, m, commentString=""):
        """Create the VCF Header using a simple template. """
        sourceConfigFP = ConfigUtils.createTemplateFP("tcgaVCF1.1Header.template")
        sHeaderTemplate = Template(sourceConfigFP.read())

        missingAnnotations = []
        headerSubKeys = dict()
        for reqHdr in TcgaVcfOutputRenderer.requiredHeaderAnnotations:
            if reqHdr not in m.keys():
                missingAnnotations.append(reqHdr)
                headerSubKeys[reqHdr] = "."
            else:
                headerSubKeys[reqHdr] = m[reqHdr]

        headerSubKeys['date'] = str(datetime.now().date()).replace('-', '')
        headerSubKeys['comments'] = commentString
        headerSubKeys['tumor_subtype_upper'] = headerSubKeys['tumor_subtype'].upper()
        sHeader = sHeaderTemplate.safe_substitute(headerSubKeys)
        return sHeader
开发者ID:alexramos,项目名称:oncotator,代码行数:21,代码来源:TcgaVcfOutputRenderer.py


注:本文中的oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils.createTemplateFP方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。