本文整理汇总了Python中oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils.createTemplateFP方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python ConfigUtils.createTemplateFP方法的具体用法？Python ConfigUtils.createTemplateFP怎么用？Python ConfigUtils.createTemplateFP使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils的用法示例。
在下文中一共展示了ConfigUtils.createTemplateFP方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: createVcfHeader
# 需要导入模块: from oncotator.utils.ConfigUtils import ConfigUtils [as 别名]
# 或者: from oncotator.utils.ConfigUtils.ConfigUtils import createTemplateFP [as 别名]
def createVcfHeader(self, m, commentString=""):
"""Create the VCF Header using a simple template. """
sourceConfigFP = ConfigUtils.createTemplateFP("tcgaVCF1.1Header.template")
sHeaderTemplate = Template(sourceConfigFP.read())
missingAnnotations = []
headerSubKeys = dict()
for reqHdr in TcgaVcfOutputRenderer.requiredHeaderAnnotations:
if reqHdr not in m.keys():
missingAnnotations.append(reqHdr)
headerSubKeys[reqHdr] = "."
else:
headerSubKeys[reqHdr] = m[reqHdr]
headerSubKeys['date'] = str(datetime.now().date()).replace('-', '')
headerSubKeys['comments'] = commentString
headerSubKeys['tumor_subtype_upper'] = headerSubKeys['tumor_subtype'].upper()
sHeader = sHeaderTemplate.safe_substitute(headerSubKeys)
return sHeader