本文整理汇总了Python中msmbuilder.Trajectory.load_from_trr方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Trajectory.load_from_trr方法的具体用法？Python Trajectory.load_from_trr怎么用？Python Trajectory.load_from_trr使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类msmbuilder.Trajectory的用法示例。
在下文中一共展示了Trajectory.load_from_trr方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: LPRMSD
# 需要导入模块: from msmbuilder import Trajectory [as 别名]
# 或者: from msmbuilder.Trajectory import load_from_trr [as 别名]
"""
Load a TRR, align all the frames to the first frame, save the results
as lh5
"""
import numpy as np
from msmbuilder import Trajectory
from lprmsd import LPRMSD
t = Trajectory.load_from_trr('/home/jweber1/CNT_for_Robert/runCNT_300K.trr', PDBFilename='/home/jweber1/CNT_for_Robert/CNT300.pdb')
C_indices = np.where(t['AtomNames'] == 'C')[0]
all_indices = np.arange(t['XYZList'].shape[1])
lp = LPRMSD(C_indices, altindices=all_indices)
pt = lp.prepare_trajectory(t)
distances, aligned = lp.one_to_all_aligned(pt, pt, 0)
t['XYZList'] = aligned
t.save('runCNT_300K.lh5')