本文整理汇总了Python中dendropy.Tree.preorder_edge_iter方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Tree.preorder_edge_iter方法的具体用法？Python Tree.preorder_edge_iter怎么用？Python Tree.preorder_edge_iter使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类dendropy.Tree的用法示例。
在下文中一共展示了Tree.preorder_edge_iter方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: index_mutations
# 需要导入模块: from dendropy import Tree [as 别名]
# 或者: from dendropy.Tree import preorder_edge_iter [as 别名]
def index_mutations(con):
"""Builds an index of all mutations"""
cur = con.cursor()
for msaid in get_alignment_method_ids(con):
for modelid in get_phylo_modelids(con):
newick = get_anc_cladogram(con, msaid, modelid)
t = Tree()
t.read_from_string(newick, "newick")
for edge in t.preorder_edge_iter():
if edge.head_node == None or edge.tail_node == None:
continue
if edge.head_node.label == None or edge.tail_node.label == None:
continue
print msaid, modelid, edge.head_node.label, edge.tail_node.label
anc1name = "Node" + edge.head_node.label.__str__()
anc2name = "Node" + edge.tail_node.label.__str__()
index_mutations_helper(con, msaid, modelid, anc1name, anc2name)