本文整理汇总了Python中dendropy.Tree.as_newick_string方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Tree.as_newick_string方法的具体用法?Python Tree.as_newick_string怎么用?Python Tree.as_newick_string使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类dendropy.Tree
的用法示例。
在下文中一共展示了Tree.as_newick_string方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: scale_tree_branch
# 需要导入模块: from dendropy import Tree [as 别名]
# 或者: from dendropy.Tree import as_newick_string [as 别名]
def scale_tree_branch(tree, format="newick"):
tree_obj = None
if os.path.exists(tree):
tree_obj = Tree.get_from_path(tree, format)
elif isinstance(tree, str):
tree_obj = Tree(stream=StringIO(tree), schema=format)
elif isinstance(tree, Tree):
tree_obj = Tree
if sum([ e.length > 1 for e in tree_obj.postorder_edge_iter()]):
for e in tree_obj.postorder_edge_iter():
if e.length is not None:
e.length = e.length/100
return tree_obj.as_newick_string()