本文整理汇总了Python中dax.XnatUtils.gzip_file方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python XnatUtils.gzip_file方法的具体用法？Python XnatUtils.gzip_file怎么用？Python XnatUtils.gzip_file使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类dax.XnatUtils的用法示例。
在下文中一共展示了XnatUtils.gzip_file方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: generate_big_nifti
# 需要导入模块: from dax import XnatUtils [as 别名]
# 或者: from dax.XnatUtils import gzip_file [as 别名]
def generate_big_nifti(self):
"""Generate big nifti with all VERDICT acquisition files."""
for i in range(1, len(self.acquisitions.keys()) + 1):
f_img = nib.load(self.acquisitions[i][0]['4D'])
f_img_data = f_img.get_data()
data = np.zeros(
shape=(f_img_data.shape[0],
f_img_data.shape[1],
f_img_data.shape[2],
f_img_data.shape[3]*len(self.acquisitions[i])))
sorted_list = sorted(self.acquisitions[i],
key=lambda k: int(k['ID']))
for index, scan_info in enumerate(sorted_list):
# Open niftis with nibabel
f_img = nib.load(scan_info['reg'])
f_img_data = f_img.get_data()
for vol in range(0, f_img_data.shape[3]):
# Draw
vol_index = index*f_img_data.shape[3] + vol
data[:, :, :, vol_index] = f_img_data[:, :, :, vol]
nii_5d = nib.Nifti1Image(data, affine=f_img.affine)
acq_dir = XnatUtils.makedir(os.path.join(self.jobdir,
'outputs',
'ACQ%d' % i))
filename = '%s_acquisition%d.nii' % (self.xnat_session, i)
nii_file = os.path.join(acq_dir, filename)
nib.save(nii_5d, nii_file)
# gzip the nifti:
XnatUtils.gzip_file(nii_file)