本文整理汇总了Python中cogent.LoadTree.rootAtMidpoint方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python LoadTree.rootAtMidpoint方法的具体用法？Python LoadTree.rootAtMidpoint怎么用？Python LoadTree.rootAtMidpoint使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类cogent.LoadTree的用法示例。
在下文中一共展示了LoadTree.rootAtMidpoint方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: load_de_numericized_newick_tree
# 需要导入模块: from cogent import LoadTree [as 别名]
# 或者: from cogent.LoadTree import rootAtMidpoint [as 别名]
def load_de_numericized_newick_tree(tree_in,before="'",after="'",root=False):
from cogent.core.tree import PhyloNode
from cogent import LoadTree
import os.path
if os.path.isfile(tree_in):
tree = LoadTree(tree_in)
else:
tree = LoadTree(treestring=tree_in)
terminals = tree.getTipNames()
rename_dict = {}
for tip in terminals:
rename_dict[tip] = before + str(tip) + after
tree.reassignNames(rename_dict)
if root:
tree = tree.rootAtMidpoint()
treestring = tree.getNewick(with_distances=True)
return treestring