Python ADAMContext.loadIndexedBam方法代码示例

本文整理汇总了Python中bdgenomics.adam.adamContext.ADAMContext.loadIndexedBam方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python ADAMContext.loadIndexedBam方法的具体用法？Python ADAMContext.loadIndexedBam怎么用？Python ADAMContext.loadIndexedBam使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类bdgenomics.adam.adamContext.ADAMContext的用法示例。

在下文中一共展示了ADAMContext.loadIndexedBam方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_load_indexed_bam

# 需要导入模块: from bdgenomics.adam.adamContext import ADAMContext [as 别名]
# 或者: from bdgenomics.adam.adamContext.ADAMContext import loadIndexedBam [as 别名]
    def test_load_indexed_bam(self):

        readsPath = self.resourceFile("indexed_bams/sorted.bam")
        ac = ADAMContext(self.ss)

        querys = [ReferenceRegion("chr2", 100, 101), ReferenceRegion("3", 10, 17)]

        reads = ac.loadIndexedBam(readsPath, querys)

        self.assertEqual(reads.toDF().count(), 2)

注：本文中的bdgenomics.adam.adamContext.ADAMContext.loadIndexedBam方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。