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Python QuasiNewton.get_number_of_steps方法代码示例

本文整理汇总了Python中ase.optimize.QuasiNewton.get_number_of_steps方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python QuasiNewton.get_number_of_steps方法的具体用法?Python QuasiNewton.get_number_of_steps怎么用?Python QuasiNewton.get_number_of_steps使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在ase.optimize.QuasiNewton的用法示例。


在下文中一共展示了QuasiNewton.get_number_of_steps方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: fcc111

# 需要导入模块: from ase.optimize import QuasiNewton [as 别名]
# 或者: from ase.optimize.QuasiNewton import get_number_of_steps [as 别名]
#sets up the slab and molecule
slab = fcc111('Pd', size=(3,3,2), vacuum=10)
molecule = Atoms('CO', [(0., 0., 0.), (0., 0., 1.13)])
add_adsorbate(slab, molecule, 1.7, 'ontop')

#sets up the calculator
calc = EMT()
slab.set_calculator(calc)

#runs optimization
dyn = QuasiNewton(slab, trajectory='CO-Pd-ontop.traj')
dyn.run(fmax=0.05)

#writes the trajectory file in .xyz format
traj = PickleTrajectory("CO-Pd-ontop.traj")
nsteps = dyn.get_number_of_steps()
string = 'structure'

path = os.getcwd()
path = path + '/scratch'
if not os.path.exists(path): os.makedirs(path)

outFileName = 'trajectory.xyz'
for i in range(0, nsteps+1):
	atoms = traj[i]
  	string = 'structure%03d' % (i,) +'.xyz'
	outStruct = os.path.join(path, string)
  	write(outStruct, atoms)
#combines all optimization steps in one trajectory file
	inFile = open (os.path.join(path, 'structure%03d' % (i,) +'.xyz'), 'r')
	fileStr = inFile.read()
开发者ID:mina-jafari,项目名称:NEB-scripts,代码行数:33,代码来源:trajExtract.py


注:本文中的ase.optimize.QuasiNewton.get_number_of_steps方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。