本文整理汇总了Python中Biskit.Executor.run方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Executor.run方法的具体用法？Python Executor.run怎么用？Python Executor.run使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Biskit.Executor的用法示例。
在下文中一共展示了Executor.run方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: parm2pdb
# 需要导入模块: from Biskit import Executor [as 别名]
# 或者: from Biskit.Executor import run [as 别名]
def parm2pdb( self, f_parm, f_crd, f_out, aatm=0 ):
"""
Use ambpdb to build PDB from parm and crd.
@param f_parm: existing parm file
@type f_parm: str
@param f_crd: existing crd file
@type f_crd: str
@param f_out: target file name for PDB
@type f_out: str
@return: f_out, target file name for PDB
@rtype: str
@raise AmberError: if ambpdb fail
"""
## cmd = '%s -p %s -aatm < %s > %s' % \
args = '-p %s %s' % (f_parm, '-aatm'*aatm )
x = Executor('ambpdb', args, f_in=f_crd, f_out=f_out,
log=self.log, verbose=1, catch_err=1)
output,error,status = x.run()
if not os.path.exists( f_out ):
raise AmberError, 'ambpdb failed.'
return f_out