本文整理汇总了Python中Biskit.Executor.prepare方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Executor.prepare方法的具体用法？Python Executor.prepare怎么用？Python Executor.prepare使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Biskit.Executor的用法示例。
在下文中一共展示了Executor.prepare方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: prepare
# 需要导入模块: from Biskit import Executor [as 别名]
# 或者: from Biskit.Executor import prepare [as 别名]
def prepare( self ):
"""
Overrides Executor method.
"""
Executor.prepare( self )
self.__prepareFolder()
## if setGrid hasn't been called yet, create automatic grid
if not self.gsize:
self.setGrid()
if self.protonate:
reducer = Reduce( self.model, verbose=self.verbose,
autocap=self.autocap,
tempdir=self.tempdir, cwd=self.cwd,
log=self.log, debug=self.debug )
if self.verbose:
self.log.add('adding hydrogen atoms to input structure\n')
self.delphimodel = reducer.run()
else:
self.delphimodel = self.model.clone()
self.delphimodel.xplor2amber()
if not os.path.exists( self.f_charges ):
self.__prepareCharges( self.f_charges )
self.delphimodel.writePdb( self.f_pdb )