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Python MafIndex._get_record方法代码示例

本文整理汇总了Python中Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex._get_record方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python MafIndex._get_record方法的具体用法?Python MafIndex._get_record怎么用?Python MafIndex._get_record使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex的用法示例。


在下文中一共展示了MafIndex._get_record方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: TestGetRecord

# 需要导入模块: from Bio.AlignIO.MafIO import MafIndex [as 别名]
# 或者: from Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex import _get_record [as 别名]
    class TestGetRecord(unittest.TestCase):
        """Make sure we can seek and fetch records properly"""

        def setUp(self):
            self.idx = MafIndex("MAF/ucsc_mm9_chr10.mafindex",
                                "MAF/ucsc_mm9_chr10.maf", "mm9.chr10")
            self.assertEqual(len(self.idx), 48)

        def test_records_begin(self):
            recs = {}

            recs[0] = SeqRecord(Seq("TCATAGGTATTTATTTTTAAATATGGTTTGCTTTATGGCTAGAA"
                                    "CACACCGATTACTTAAAATAGGATTAACC--CCCATACACTTTA"
                                    "AAAATGATTAAACAACATTTCTGCTGCTCGCTCACATTCTTCAT"
                                    "AGAAGATGACATAATGTATTTTCCTTTTGGTT"),
                                id="mm9.chr10",
                                name="mm9.chr10",
                                description="",
                                annotations={"start": 3009319,
                                             "srcSize": 129993255,
                                             "strand": 1,
                                             "size": 162})

            recs[1] = SeqRecord(Seq("TCACAGATATTTACTATTAAATATGGTTTGTTATATGGTTACGG"
                                    "TTCATAGGTTACTTGGAATTGGATTAACCTTCTTATTCATTGCA"
                                    "GAATTGGTTACACTGTGTTCTTGACCTTTGCTTGTTTTCTCCAT"
                                    "GGAAACTGATGTCAAATACTTTCCCTTTGGTT"),
                                id="oryCun1.scaffold_133159",
                                name="oryCun1.scaffold_133159",
                                description="",
                                annotations={"start": 11087,
                                             "srcSize": 13221,
                                             "strand": 1,
                                             "size": 164})

            fetched_recs = self.idx._get_record(34)

            for i in range(2):
                self.assertTrue(compare_record(recs[i], fetched_recs[i]))

        def test_records_end(self):
            recs = {}

            recs[0] = SeqRecord(Seq("TGTTTAGTACC----ATGCTTAGGAATGATAAACTCACTTAGTGtt"),
                                id="mm9.chr10",
                                name="mm9.chr10",
                                description="",
                                annotations={"start": 3021494,
                                             "srcSize": 129993255,
                                             "strand": 1,
                                             "size": 42})

            recs[1] = SeqRecord(Seq("TGTTGCATGTCCTTTATTCTTTGGCGTGATAGGCTCACCCAATCTT"),
                                id="ponAbe2.chr6",
                                name="ponAbe2.chr6",
                                description="",
                                annotations={"start": 16173516,
                                             "srcSize": 174210431,
                                             "strand": -1,
                                             "size": 46})

            recs[2] = SeqRecord(Seq("TGTTGCATATCCTTTATTCTTTGGCGTGATAGGCTCACCCAATCTT"),
                                id="panTro2.chr6",
                                name="panTro2.chr6",
                                description="",
                                annotations={"start": 16393864,
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                                             "size": 46})

            recs[3] = SeqRecord(Seq("TGTTGCATGTCGTTTATTCTTTGGCGTGATAGGCTCACCCAATCTT"),
                                id="hg18.chr6",
                                name="hg18.chr6",
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                                annotations={"start": 15875298,
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                                             "size": 46})

            recs[4] = SeqRecord(Seq("TGTTAAGTCTCACTTGCTGTTCAAAGTGATAGCTTCACTCCATCAT"),
                                id="canFam2.chr1",
                                name="canFam2.chr1",
                                description="",
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                                             "size": 46})

            recs[5] = SeqRecord(Seq("TGTTTAAAATG----ATTGCTAGAACTTCTA--CTCACTGGA----"),
                                id="ornAna1.chr2",
                                name="ornAna1.chr2",
                                description="",
                                annotations={"start": 14757144,
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                                             "size": 36})

            fetched_recs = self.idx._get_record(99228)

            for i in range(6):
#.........这里部分代码省略.........
开发者ID:BioGeek,项目名称:biopython,代码行数:103,代码来源:test_MafIO_index.py


注:本文中的Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex._get_record方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。