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Python FileIO.read_fasta方法代码示例

本文整理汇总了Python中FileIO.read_fasta方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python FileIO.read_fasta方法的具体用法?Python FileIO.read_fasta怎么用?Python FileIO.read_fasta使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在FileIO的用法示例。


在下文中一共展示了FileIO.read_fasta方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: load_fasta_background

# 需要导入模块: import FileIO [as 别名]
# 或者: from FileIO import read_fasta [as 别名]
def load_fasta_background(filename, center='.'):
    fasta_list = FileIO.read_fasta(filename);
    result = fasta_to_chunks(fasta_list);
    
    if(center != '.'):
        result = filter_chunks(result, center);
        
    result = result[0:300000]; #Concatenate because I don't have enough ram    
    formA = DataManipulation.list_to_formA(result);
    
    return dict([('seq',result),
                 ('formA',formA)]);
开发者ID:deto,项目名称:KinaseBinding,代码行数:14,代码来源:ProcessBackground.py


注:本文中的FileIO.read_fasta方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。