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Java MolBond.setType方法代码示例

本文整理汇总了Java中chemaxon.struc.MolBond.setType方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Java MolBond.setType方法的具体用法?Java MolBond.setType怎么用?Java MolBond.setType使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在chemaxon.struc.MolBond的用法示例。


在下文中一共展示了MolBond.setType方法的3个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Java代码示例。

示例1: getTopologyRank

import chemaxon.struc.MolBond; //导入方法依赖的package包/类
protected static int[] getTopologyRank (Molecule mol) {
       Molecule m = mol.cloneMolecule();

       for (MolAtom a : m.getAtomArray()) {
    a.setAtno(6);
    a.setRadical(0);
    a.setCharge(0);
    a.setFlags(0);
}

for (MolBond b : m.getBondArray()) {
    b.setFlags(0);
    b.setType(1);
}

       int[] rank = new int[m.getAtomCount()];
       m.getGrinv(rank);

       return rank;
   }
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:21,代码来源:NCGCTautomerGenerator.java

示例2: topologyInvariant

import chemaxon.struc.MolBond; //导入方法依赖的package包/类
public static int[] topologyInvariant (Molecule mol) {
Molecule m = mol.cloneMolecule();
m.hydrogenize(false);
m.expandSgroups();

for (MolAtom a : m.getAtomArray()) {
    a.setAtno(6);
    a.setRadical(0);
    a.setCharge(0);
    a.setFlags(0);
}
for (MolBond b : m.getBondArray()) {
    b.setFlags(0);
    b.setType(1);
}

int[] map = new int[m.getAtomCount()];
m.getGrinv(map);

return map;
   }
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:22,代码来源:ChemUtil.java

示例3: transform

import chemaxon.struc.MolBond; //导入方法依赖的package包/类
void transform (Molecule mol, int[] hit) {
    if (debug) {
        System.out.println("Hit: "+smirks);
        for(int j=0; j < hit.length; j++) {
            System.out.print(" " + (hit[j]+1)+":"
                             +source.getAtom(j).getAtomMap());
        }
        System.out.println();
    }

    if (target.getAtomCount() == 0) {
        // delete this subgraph
        for (int j = 0; j < hit.length; ++j) {
            mol.removeNode(hit[j]);
        }
    }
    else {
        MolAtom[] M = new MolAtom[mol.getAtomCount()];

        // update atom
        for (int j = 0; j < hit.length; ++j) {
            MolAtom src = target.getAtom(map[j]);
            MolAtom dst = mol.getAtom(hit[j]);
            //System.out.println("updating atom " + (hit[j]+1));
            copy (dst, src);
            M[hit[j]] = src;
        }
                
        // now update the bond
        for (MolBond b1 : mol.getBondArray()) {
            MolAtom a1 = b1.getAtom1();
            MolAtom a2 = b1.getAtom2();
            int i1 = mol.indexOf(a1);
            int i2 = mol.indexOf(a2);

            if (M[i1] != null && M[i2] != null) {
                for (int j = 0; j < M[i1].getBondCount(); ++j) {
                    MolBond b2 = M[i1].getBond(j);
                    if (b2.getOtherAtom(M[i1]) == M[i2]) {
                        int type = b2.getType();
                        switch (type) {
                        case MolBond.SINGLE_OR_AROMATIC:
                            b1.setType(1);
                            break;

                        case MolBond.DOUBLE_OR_AROMATIC:
                            b1.setType(2);
                            break;

                        case 1: case 2: case 3:
                            b1.setType(type);
                            break;
                        }

                        if (debug) {
                            System.out.println
                                ("updating bond " + (i1+1)
                                 + "-"+(i2+1) + " to " 
                                 + b1.getType());
                        }
                    }
                }
            }
        }

        M = null;
    }
}
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:69,代码来源:SMIRKS.java


注:本文中的chemaxon.struc.MolBond.setType方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。