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Java MolBond.AROMATIC属性代码示例

本文整理汇总了Java中chemaxon.struc.MolBond.AROMATIC属性的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Java MolBond.AROMATIC属性的具体用法?Java MolBond.AROMATIC怎么用?Java MolBond.AROMATIC使用的例子?那么, 这里精选的属性代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该属性所在chemaxon.struc.MolBond的用法示例。


在下文中一共展示了MolBond.AROMATIC属性的4个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Java代码示例。

示例1: isQueryMol

public static boolean isQueryMol (Molecule mol) {
    mol.ungroupSgroups();
    for (MolAtom atom : mol.getAtomArray()) {
        switch (atom.getAtno()) {
        case MolAtom.LIST:
        case MolAtom.NOTLIST:
        case MolAtom.ANY:
        case MolAtom.RGROUP:
            return true;
        }
    }

    for (MolBond bond : mol.getBondArray()) {
        switch (bond.getType()) {
        case 1: case 2: case 3: case MolBond.AROMATIC:
            break;

        default:
            return true;
        }
    }
    return false;
}
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:23,代码来源:LyChIStandardizer.java

示例2: isKekulized

protected static boolean isKekulized (Molecule m) {
for (MolBond b : m.getBondArray()) {
    if (b.getType() == MolBond.AROMATIC) {
	return false;
    }
}
return true;
   }
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:8,代码来源:SayleDelanyTautomerGenerator.java

示例3: getLabel

public String getLabel (MolBond b) {
int type = b.getType();
switch (type) {
case 1: return "";
case 2: return "=";
case 3: return "#";
case MolBond.AROMATIC: return ":";
default: return "?";
}
   }
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:10,代码来源:Deprotonator.java

示例4: postprocessing

void postprocessing (Molecule mol, boolean chargeBalance) {
    if (chargeBalance) chargeBalance (mol);
    if (mol.getAtomCount() > 0) {
        /*
         * this is needed because of tests/standardizer_case10.smi
         */
        try {
            String smiles = mol.toFormat("cxsmiles:u");
            if (DEBUG) {
                logger.log(Level.INFO, "Before final molecule cleaning: "
                           +smiles);
            }

            Molecule newmol = MolImporter.importMol(smiles);
            newmol.dearomatize();

            boolean hasArom = false;
            for (MolBond b : newmol.getBondArray()) {
                if (b.getType() == MolBond.AROMATIC) {
                    hasArom = true;
                    break;
                }
            }

            if (hasArom) {
                logger.log(Level.WARNING, mol.getName()
                           +": can't kekulize aromatized form: "+smiles);
                // leave mol as-is
            }
            else {
                if (DEBUG) {
                    logger.info("Final molecule clean-up\n"
                                +newmol.toFormat("mol"));
                }
                newmol.clonecopy(mol);
            }
        }
        catch (Exception ex) {
            logger.log(Level.SEVERE, 
                       "Can't cleanup molecule properly", ex);
        }
    }
}
 
开发者ID:ncats,项目名称:lychi,代码行数:43,代码来源:LyChIStandardizer.java


注:本文中的chemaxon.struc.MolBond.AROMATIC属性示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。