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C# ConsoleLogger.?.EndTask方法代码示例

本文整理汇总了C#中ConsoleLogger.?.EndTask方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C# ConsoleLogger.?.EndTask方法的具体用法?C# ConsoleLogger.?.EndTask怎么用?C# ConsoleLogger.?.EndTask使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在ConsoleLogger的用法示例。


在下文中一共展示了ConsoleLogger.?.EndTask方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C#代码示例。

示例1: AnalyseVcfFile

        public void AnalyseVcfFile(string variantPath, VariantFileType fileType, string snpPath = null,
            ConsoleLogger logger = null)
        {
            ProgressReporter pr = null;
            logger?.LogInfo(LogName, "Analysing variants");

            //Do we need to load snps?
            if (snpPath != null)
            {
                pr = null;
                if (logger != null)
                {
                    pr = new ProgressReporter(logger, 1);
                }

                logger?.StartTask(1, "Load SNP file");
                LoadUcscSnps(snpPath, true, pr);
                logger?.EndTask(1);
                logger?.LogInfo(LogName, "Loaded " + Snps.Count + " SNPs");
            }

            //Init
            _splitter = null;
            var variantCount = 0;
            var unmatchedCount = 0;

            //Var vcf
            var calledForwardOnPlus = 0;
            var calledForwardOnNeg = 0;

            //Var final report
            var matchedFwdStrand = 0;
            var unMatchedFwdStrand = 0;

            //Logging
            pr = null;
            if (logger != null)
            {
                pr = new ProgressReporter(logger, 1);
            }
            logger?.StartTask(1, "Processing variants");

            //Read file
            using (var reader = _fileReaderFactory.GetFileReader(variantPath))
            {
                foreach (var line in reader)
                {
                    //Load variants
                    var variants = LoadVariant(fileType, line);

                    //Continue if not a real variants
                    if (variants == null)
                    {
                        continue;
                    }

                    for (var i = 0; i < variants.Length; i++)
                    {
                        //Get current variant
                        var variant = variants[i];

                        //Try and match to snp's loads
                        Snp matchSnp;
                        Snps.TryGetValue(variant.Id, out matchSnp);

                        //Check we have a match
                        if (matchSnp != null)
                        {
                            if (fileType == VariantFileType.Vcf)
                            {
                                if (matchSnp.Strand == "+" && matchSnp.SnpRef == variant.VcfRef)
                                {
                                    calledForwardOnPlus++;
                                }
                                else if (matchSnp.Strand == "-" && matchSnp.SnpRef == variant.VcfRef)
                                {
                                    calledForwardOnNeg++;
                                }
                            }
                            else if (fileType == VariantFileType.IlluminiaFinalReport)
                            {
                                if (variant.AlleleA != "-" && variant.AlleleB != "-")
                                {
                                    if ((variant.AlleleA == matchSnp.SnpRef || variant.AlleleA == matchSnp.SnpAlt) &&
                                        (variant.AlleleB == matchSnp.SnpRef || variant.AlleleB == matchSnp.SnpAlt))
                                    {
                                        matchedFwdStrand++;
                                    }
                                    else
                                    {
                                        if (matchSnp.Observed.Length <= 3)
                                        {
                                            unMatchedFwdStrand++;
                                        }
                                    }
                                }
                            }
                            else if (fileType == VariantFileType.IlluminaMatrix)
                            {
                                if (variant.AlleleA != "-" && variant.AlleleB != "-")
//.........这里部分代码省略.........
开发者ID:UCL-Genomics,项目名称:genomics-common,代码行数:101,代码来源:VariantManager.cs


注:本文中的ConsoleLogger.?.EndTask方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。