本文整理汇总了C++中SamRecord::isStringType方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：C++ SamRecord::isStringType方法的具体用法？C++ SamRecord::isStringType怎么用？C++ SamRecord::isStringType使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类SamRecord的用法示例。
在下文中一共展示了SamRecord::isStringType方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。
示例1: getLibraryID
// get the libraryID of a record
uint32_t Dedup_LowMem::getLibraryID(SamRecord& record, bool checkTags) {
if ( ( checkTags == false ) && ( numLibraries <= 1 ) ) {
return 0;
} else {
char tag[3];
char vtype;
void* value;
std::string rgID;
record.resetTagIter();
while( record.getNextSamTag(tag,vtype,&value) != false ) {
if ( ( tag[0] == 'R' ) && ( tag[1] == 'G' ) && ( vtype == 'Z' ) ) {
if ( !rgID.empty() ) {
Logger::gLogger->error("Multiple RG tag found in one record. ReadName is %s",record.getReadName());
}
else if ( record.isStringType(vtype) ) {
String s = (String)*(String*)value;
rgID = s.c_str();
}
else {
Logger::gLogger->error("vtype is not string (Z) for RG tag");
}
}
}
if ( rgID.empty() ) {
Logger::gLogger->error("No RG tag is found in read %s",record.getReadName());
return 0;
}
else {
std::map<std::string,uint32_t>::iterator it = rgidLibMap.find(rgID);
if ( it != rgidLibMap.end() ) {
return it->second;
}
else {
Logger::gLogger->warning("RG tag %s does not exist in the header",rgID.c_str());
return 0; // cannot be reached
}
}
}
}