本文整理汇总了C++中AlignmentConstPtr::closeGenome方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：C++ AlignmentConstPtr::closeGenome方法的具体用法？C++ AlignmentConstPtr::closeGenome怎么用？C++ AlignmentConstPtr::closeGenome使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类AlignmentConstPtr的用法示例。
在下文中一共展示了AlignmentConstPtr::closeGenome方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。
示例1: checkAlignment
void LodManager::checkAlignment(hal_size_t minQuery,
const string& path,
AlignmentConstPtr alignment)
{
if (alignment->getNumGenomes() == 0)
{
stringstream ss;
ss << "No genomes found in base alignment specified in " << path;
throw hal_exception(ss.str());
}
#ifndef NDEBUG
if (minQuery == 0)
{
vector<string> leafNames = alignment->getLeafNamesBelow(
alignment->getRootName());
string name = !leafNames.empty() ? leafNames[0] : alignment->getRootName();
const Genome* genome = alignment->openGenome(name);
bool seqFound = genome->containsDNAArray();
alignment->closeGenome(genome);
if (seqFound == false)
{
stringstream ss;
ss << "HAL file for highest level of detail (0) in " << path
<< "must contain DNA sequence information.";
throw hal_exception(ss.str());
}
}
#endif
}