Python GenomicRegionSet.write_bed_blocks方法代碼示例

本文整理匯總了Python中rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet.write_bed_blocks方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python GenomicRegionSet.write_bed_blocks方法的具體用法？Python GenomicRegionSet.write_bed_blocks怎麽用？Python GenomicRegionSet.write_bed_blocks使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet的用法示例。

在下文中一共展示了GenomicRegionSet.write_bed_blocks方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。

示例1: print

# 需要導入模塊: from rgt.GenomicRegionSet import GenomicRegionSet [as 別名]
# 或者: from rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet import write_bed_blocks [as 別名]
                    else:
                        continue
                # print(seq)

                if not args.g:
                    print(seq, file=g)
                elif select_genes.check(gn) or select_genes.check(gi):
                    
                    print(seq, file=g)
                else:
                    continue

        if args.b:
            exons = GenomicRegionSet("output")
            exons.read_bed(args.o)
            exons.write_bed_blocks(args.o)

        # sys.exit(1)

        # if args.g:
        #     select_genes = GeneSet("genes")
        #     select_genes.read(args.g)

        # # if args.t == "gene" or args.t == "transcript":
        # with open(args.i, "r") as f,open(args.o, "w") as g:
        #     find_ind = False
        #     for line in f:
        #         if line[0] == "#": 
        #             continue
        #         elif args.known_only:
        #             if "gene_status \"KNOWN\"" in line:

開發者ID:Marvin84，項目名稱:reg-gen，代碼行數:33，代碼來源:rgt-convertor.py

注：本文中的rgt.GenomicRegionSet.GenomicRegionSet.write_bed_blocks方法示例由純淨天空整理自Github/MSDocs等開源代碼及文檔管理平台，相關代碼片段篩選自各路編程大神貢獻的開源項目，源碼版權歸原作者所有，傳播和使用請參考對應項目的License；未經允許，請勿轉載。