本文整理匯總了Python中puzzle.plugins.VcfPlugin.snpeff_header方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python VcfPlugin.snpeff_header方法的具體用法？Python VcfPlugin.snpeff_header怎麽用？Python VcfPlugin.snpeff_header使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類puzzle.plugins.VcfPlugin的用法示例。
在下文中一共展示了VcfPlugin.snpeff_header方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: test_format_variants
# 需要導入模塊: from puzzle.plugins import VcfPlugin [as 別名]
# 或者: from puzzle.plugins.VcfPlugin import snpeff_header [as 別名]
def test_format_variants(cyvcf_variant, case_obj, header):
vcf_plugin = VcfPlugin()
vcf_plugin.head = header
vcf_plugin.vep_header = header.vep_columns
vcf_plugin.snpeff_header = header.snpeff_columns
variant_obj = vcf_plugin._format_variants(cyvcf_variant, index=1,
case_obj=case_obj, add_all_info=False)
assert variant_obj.CHROM == cyvcf_variant.CHROM
assert variant_obj.start == cyvcf_variant.start