Python TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法代碼示例

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示例1: _calculate_protein_sequence

# 需要導入模塊: from oncotator.TranscriptProviderUtils import TranscriptProviderUtils [as 別名]
# 或者: from oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils import _convert_genomic_space_to_feature_space [as 別名]
    def _calculate_protein_sequence(self, exons, seq, cds_start_genomic_space, cds_stop_genomic_space, strand):
        cds_start_exon_space, cds_stop_exon_space = TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space(int(cds_start_genomic_space), int(cds_stop_genomic_space), exons, strand)

        prot_seq = MutUtils.translate_sequence(seq[int(cds_start_exon_space):int(cds_stop_exon_space)])
        if len(prot_seq) > 0 and prot_seq[-1] == '*':
            prot_seq = prot_seq[:-1]

        return prot_seq

注：本文中的oncotator.TranscriptProviderUtils.TranscriptProviderUtils._convert_genomic_space_to_feature_space方法示例由純淨天空整理自Github/MSDocs等開源代碼及文檔管理平台，相關代碼片段篩選自各路編程大神貢獻的開源項目，源碼版權歸原作者所有，傳播和使用請參考對應項目的License；未經允許，請勿轉載。