本文整理匯總了Python中CGAT.Stats.doFDRPython方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Stats.doFDRPython方法的具體用法？Python Stats.doFDRPython怎麽用？Python Stats.doFDRPython使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類CGAT.Stats的用法示例。
在下文中一共展示了Stats.doFDRPython方法的2個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: testAgainstQValue
# 需要導入模塊: from CGAT import Stats [as 別名]
# 或者: from CGAT.Stats import doFDRPython [as 別名]
def testAgainstQValue(self):
R.assign("pvalues", self.pvalues)
qvalue = R('''qvalue( pvalues )''')
r_qvalues = qvalue[2]
r_pi0 = qvalue[1][0]
new = Stats.doFDRPython(self.pvalues)
self.assertTrue(getRelativeError(r_pi0, new.mPi0) < self.max_error)
for a, b in zip(r_qvalues, new.mQValues):
self.assertAlmostEqual(a, b, places=self.nplaces)示例2: checkFDR
# 需要導入模塊: from CGAT import Stats [as 別名]
# 或者: from CGAT.Stats import doFDRPython [as 別名]
def checkFDR(self, **kwargs):
old = Stats.doFDR(self.pvalues, **kwargs)
# print old.mQValues[:10]
# print old.mPi0
new = Stats.doFDRPython(self.pvalues, **kwargs)
# print new.mQValues[:10]
# print new.mPi0
# self.assertAlmostEqual( old.mPi0, new.mPi0, places=3)
self.assertTrue(getRelativeError(old.mPi0, new.mPi0) < self.max_error)
for pvalue, a, b in zip(self.pvalues, old.mQValues, new.mQValues):
self.assertTrue(getRelativeError(a, b) < self.max_error,
"qvalues: relative error %f > %f (pvalue=%f, %f, %f)" %
(getRelativeError(a, b),
self.max_error,
pvalue, a, b))