R check_packages_in_dir 检查源码包及其反向依赖

说明

检查给定目录中的源包，可以选择检查它们的反向依赖关系。

用法

check_packages_in_dir(dir,
                      pfiles = Sys.glob("*.tar.gz"),
                      check_args = character(),
                      check_args_db = list(),
                      reverse = NULL,
                      check_env = character(),
                      xvfb = FALSE,
                      Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
                      clean = TRUE,
                      ...)

summarize_check_packages_in_dir_results(dir, all = TRUE,
                                        full = FALSE, ...)
summarize_check_packages_in_dir_timings(dir, all = FALSE,
                                        full = FALSE)
summarize_check_packages_in_dir_depends(dir, all = FALSE,
                                        which = c("Depends",
                                                  "Imports",
                                                  "LinkingTo"))

check_packages_in_dir_changes(dir, old,
                              outputs = FALSE, sources = FALSE, ...)
check_packages_in_dir_details(dir, logs = NULL, drop_ok = TRUE, ...)

参数

dir	给出带有源目录的路径的字符串‘.tar.gz’要检查的文件。
pfiles	(可选)要检查的 tarball 文件的字符向量。对于选择‘的子集很有用*.tar.gz' 文件中dir.
check_args	带有要传递给 R CMD check 的参数的字符向量，或长度为两个的此类字符向量的列表，分别用于检查包和反向依赖关系。
check_args_db	字符向量的命名列表，其中包含要传递给 R CMD check 的参数，名称为相应的包名称。
reverse	名称部分匹配 "repos" 、 "which" 或 "recursive" 的列表，给出用于查找反向依赖项的存储库(默认值 getOption("repos") 的子集)、反向依赖项的类型(默认值：c("Depends", "Imports", "LinkingTo") ， package_dependencies 简写为 "most" 和 "all" )，并指示是否同时检查反向依赖的反向依赖等(默认： FALSE )，或 NULL (默认)，其中如果没有检查反向依赖关系。
check_env	用于设置用于检查的环境变量的 name=value 字符串的字符向量，或分别用于检查包和反向依赖项的两个此类字符向量的长度列表。
xvfb	指示是否在虚拟帧缓冲区 X 服务器(仅限 Unix)内执行检查的逻辑，或用于执行此操作的 Xvfb 选项的字符向量。
Ncpus	用于并行安装和检查的并行进程的数量。
clean	指示是否删除下载的反向依赖源的逻辑。
...	传递给 readLines ，例如用于读取以不同编码生成的日志文件；目前check_packages_in_dir 未使用。
all	指示是否还汇总检查的反向依赖关系的逻辑。
full	一个逻辑，指示是否还提供非正常结果检查的详细信息，或总结检查示例时序(如果可用)。
which	请参阅package_dependencies。
old	给出先前 check_packages_in_dir 运行的目录路径的字符串。
outputs	一个逻辑，指示是否分析所执行检查的输出的变化，或仅(默认)检查的状态。
sources	一个逻辑，指示是否还要调查检查的源文件中的更改(默认值：FALSE)。
logs	路径为‘的字符向量00检查.log’来分析。仅在以下情况下使用dir没有给出。
drop_ok	指示是否删除带有 ‘ok’ 状态的检查的逻辑，或带有要删除的 ‘ok’ 状态标记的字符向量。默认对应标签‘⁠好的⁠', '⁠无⁠' 和 '⁠已跳过⁠’。

细节

check_packages_in_dir可以方便的查看源码包‘.tar.gz' 给定目录中的文件dir，以及它们的反向依赖关系由reverse.

reverse的"which"组件也可以是一个列表，这种情况下，为列表的每个元素和reverse的"recursive"组件的对应元素获得反向依赖关系(根据需要回收)。

如果需要，来源‘.tar.gz' 需要检查的反向依赖文件也被下载到dir(并在最后删除，如果clean是真的)。接下来，检查所需的所有(额外)软件包都安装到‘ Library ’的子目录dir。那么，所有‘.tar.gz使用给定的参数和环境变量检查文件，并将输出和消息发送到“输出’的子目录dir。这 '*.Rcheck' 带有反向依赖检查结果的目录通过在其基本名称前加上前缀 ' 来重命名⁠rdepends_⁠’。

可以分别使用 summarize_check_packages_in_dir_results 和 summarize_check_packages_in_dir_timings 方便地总结结果和时序。

如果 Ncpus 大于 1，则并行执行安装和检查：这将在 Unix 上使用 mclapply，在 Windows 上使用 parLapply。

check_packages_in_dir 返回一个继承自类 "check_packages_in_dir" 的对象，该类具有 print 和 summary 方法。

check_packages_in_dir_changes 允许分析更改(某些)源的影响。通过 dir 和 old 分别指定新旧源目录的路径以及相应的检查结果，可以通过选项 outputs 和 sources 方便地分析检查结果可能发生的变化。通过使用 "==" 、 "!=" 、 "<" 、 "<=" 、 ">" 或 ">=" 之一作为行索引，可以根据从旧结果到新结果的严重性变化对返回的更改对象进行下标。

check_packages_in_dir_details 分析检查日志文件以获取检查详细信息作为数据帧，可用于进一步处理，为每个执行的检查提供检查名称、状态和输出，并根据状态标记未删除(分别通过变量 Check 、 Status 和 Output )。

环境变量_R_CHECK_ELAPSED_TIMEOUT_可用于设置每个时间的经过时间限制check跑步。请参阅“R 内部”手册，了解如何解释该值以及可用于对超时进行更细粒度控制的其他环境变量。check跑步。

注意

此函数仍处于实验阶段：未来版本中的接口可能会发生变化。

例子

## Not run: 
## Check packages in dir without reverse dependencies:
check_packages_in_dir(dir)
## Check packages in dir and their reverse dependencies using the
## defaults (all repositories in getOption("repos"), all "strong"
## reverse dependencies, no recursive reverse dependencies):
check_packages_in_dir(dir, reverse = list())
## Check packages in dir with their reverse dependencies from CRAN,
## using all strong reverse dependencies and reverse suggests:
check_packages_in_dir(dir,
                      reverse = list(repos = getOption("repos")["CRAN"],
                                     which = "most"))                   
## Check packages in dir with their reverse dependencies from CRAN,
## using '--as-cran' for the former but not the latter:
check_packages_in_dir(dir,
                      check_args = c("--as-cran", ""),
                      reverse = list(repos = getOption("repos")["CRAN"]))

## End(Not run)