本文整理汇总了Python中tables.StringCol方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python tables.StringCol方法的具体用法？Python tables.StringCol怎么用？Python tables.StringCol使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类tables的用法示例。
在下文中一共展示了tables.StringCol方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: write_hap_samples
# 需要导入模块: import tables [as 别名]
# 或者: from tables import StringCol [as 别名]
def write_hap_samples(self, h5f):
"""Write tables containing sample names to HDF5 file"""
class SamplesTab(tables.IsDescription):
name = tables.StringCol(64)
for chrom_name in self.chrom_names:
table = h5f.create_table(h5f.root, "samples_%s" % chrom_name,
SamplesTab)
for samp in self.hap_samples:
row = table.row
row['name'] = samp
row.append()
table.flush() 示例2: write_snp_tab_h5
# 需要导入模块: import tables [as 别名]
# 或者: from tables import StringCol [as 别名]
def write_snp_tab_h5(self):
snp_tab_h5 = tables.open_file(self.snp_tab_filename, "w")
class SNPTab(tables.IsDescription):
name = tables.StringCol(16)
pos = tables.Int64Col()
allele1 = tables.StringCol(100)
allele2 = tables.StringCol(100)
chrom_tables = {}
snp_num = 0
for snp in self.snp_list:
if snp[0] in chrom_tables:
table = chrom_tables[snp[0]]
else:
table = snp_tab_h5.create_table(snp_tab_h5.root, snp[0], SNPTab)
chrom_tables[snp[0]] = table
row = table.row
snp_num += 1
row['name'] = "snp%d" % snp_num
row['pos'] = snp[1]
row['allele1'] = snp[2]
row['allele2'] = snp[3]
row.append()
table.flush()
self.write_hap_samples(snp_tab_h5)
snp_tab_h5.close()