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Python tables.IsDescription方法代码示例

本文整理汇总了Python中tables.IsDescription方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python tables.IsDescription方法的具体用法?Python tables.IsDescription怎么用?Python tables.IsDescription使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在tables的用法示例。


在下文中一共展示了tables.IsDescription方法的3个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: write_hap_samples

# 需要导入模块: import tables [as 别名]
# 或者: from tables import IsDescription [as 别名]
def write_hap_samples(self, h5f):
        """Write tables containing sample names to HDF5 file"""
        class SamplesTab(tables.IsDescription):
            name = tables.StringCol(64)

        for chrom_name in self.chrom_names:
            table = h5f.create_table(h5f.root, "samples_%s" % chrom_name,
                                    SamplesTab)

            for samp in self.hap_samples:
                row = table.row
                row['name'] = samp
                row.append()

            table.flush() 
开发者ID:bmvdgeijn,项目名称:WASP,代码行数:17,代码来源:test_find_intersecting_snps.py

示例2: write_snp_tab_h5

# 需要导入模块: import tables [as 别名]
# 或者: from tables import IsDescription [as 别名]
def write_snp_tab_h5(self):
        snp_tab_h5 = tables.open_file(self.snp_tab_filename, "w")

        class SNPTab(tables.IsDescription):
            name = tables.StringCol(16)
            pos = tables.Int64Col()
            allele1 = tables.StringCol(100)
            allele2 = tables.StringCol(100)

        chrom_tables = {}
        snp_num = 0
        for snp in self.snp_list:
            if snp[0] in chrom_tables:
                table = chrom_tables[snp[0]]
            else:
                table = snp_tab_h5.create_table(snp_tab_h5.root, snp[0], SNPTab)
                chrom_tables[snp[0]] = table

            row = table.row
            snp_num += 1
            row['name'] = "snp%d" % snp_num
            row['pos'] = snp[1]
            row['allele1'] = snp[2]
            row['allele2'] = snp[3]
            row.append()
            table.flush()

        self.write_hap_samples(snp_tab_h5)
        
        snp_tab_h5.close() 
开发者ID:bmvdgeijn,项目名称:WASP,代码行数:32,代码来源:test_find_intersecting_snps.py

示例3: ensure_structure

# 需要导入模块: import tables [as 别名]
# 或者: from tables import IsDescription [as 别名]
def ensure_structure(self):
        """
        Ensure that our h5f has the appropriate baseline structure as defined in `self.STRUCTURE`

        Checks that all groups and tables are made, makes them if not
        """
        h5f = self.open_hdf()

        for node in self.STRUCTURE:
            try:
                node = h5f.get_node(node[0])
            except tables.exceptions.NoSuchNodeError:
                #pdb.set_trace()
                # try to make it
                # python 3 compatibility
                if sys.version_info >= (3,0):
                    if isinstance(node[3], str):
                        if node[3] == 'group':
                            h5f.create_group(node[1], node[2])
                    elif issubclass(node[3], tables.IsDescription):
                        h5f.create_table(node[1], node[2], description=node[3])

                # python 2
                else:
                    if isinstance(node[3], basestring):
                        if node[3] == 'group':
                            h5f.create_group(node[1], node[2])
                    elif issubclass(node[3], tables.IsDescription):
                        h5f.create_table(node[1], node[2], description=node[3])

        self.close_hdf(h5f) 
开发者ID:wehr-lab,项目名称:autopilot,代码行数:33,代码来源:subject.py


注:本文中的tables.IsDescription方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。