当前位置: 首页>>代码示例>>Python>>正文


Python IntervalMetadata.merge方法代码示例

本文整理汇总了Python中skbio.metadata.IntervalMetadata.merge方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python IntervalMetadata.merge方法的具体用法?Python IntervalMetadata.merge怎么用?Python IntervalMetadata.merge使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在skbio.metadata.IntervalMetadata的用法示例。


在下文中一共展示了IntervalMetadata.merge方法的2个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_merge_to_unbounded

# 需要导入模块: from skbio.metadata import IntervalMetadata [as 别名]
# 或者: from skbio.metadata.IntervalMetadata import merge [as 别名]
 def test_merge_to_unbounded(self):
     for im in [self.im_empty, self.im_1, IntervalMetadata(None)]:
         obs = IntervalMetadata(None)
         obs.merge(im)
         self.assertIsNone(obs.upper_bound)
         self.assertEqual(obs._intervals, im._intervals)
开发者ID:ElDeveloper,项目名称:biolopy,代码行数:8,代码来源:test_interval.py

示例2: TestIntervalMetadata

# 需要导入模块: from skbio.metadata import IntervalMetadata [as 别名]
# 或者: from skbio.metadata.IntervalMetadata import merge [as 别名]

#.........这里部分代码省略.........
        intvl = self.im_empty.add([(1, 2), (1, 2)])
        intvls = list(self.im_empty.query([(1, 2)]))
        self.assertEqual(len(intvls), 1)
        self.assertTrue(intvl is intvls[0])

    def test_concat_empty(self):
        for i in 0, 1, 2:
            obs = IntervalMetadata.concat([self.im_empty] * i)
            exp = IntervalMetadata(self.upper_bound * i)
            self.assertEqual(obs, exp)

        obs = IntervalMetadata.concat([])
        self.assertEqual(obs, IntervalMetadata(0))

    def test_concat(self):
        im1 = IntervalMetadata(3)
        im2 = IntervalMetadata(4)
        im3 = IntervalMetadata(5)
        im1.add([(0, 2)], [(True, True)])
        im2.add([(0, 3)], [(True, False)], {'gene': 'sagA'})
        im2.add([(2, 4)], metadata={'gene': 'sagB'})
        im3.add([(1, 5)], [(False, True)], {'gene': 'sagC'})
        obs = IntervalMetadata.concat([im1, im2, im3])

        exp = IntervalMetadata(12)
        exp.add(bounds=[(0, 2)], fuzzy=[(True, True)])
        exp.add(bounds=[(3, 6)], fuzzy=[(True, False)],
                metadata={'gene': 'sagA'})
        exp.add(bounds=[(5, 7)], metadata={'gene': 'sagB'})
        exp.add(bounds=[(8, 12)], fuzzy=[(False, True)],
                metadata={'gene': 'sagC'})
        self.assertEqual(obs, exp)

    def test_merge(self):
        # empty + empty
        im = IntervalMetadata(self.upper_bound)
        self.im_empty.merge(im)
        self.assertEqual(self.im_empty, im)
        # empty + non-empty
        self.im_empty.merge(self.im_1)
        self.assertEqual(self.im_empty, self.im_1)
        # non-empty + non-empty
        self.im_empty.merge(self.im_2)
        self.im_2.merge(self.im_1)
        self.assertEqual(self.im_empty, self.im_2)

    def test_merge_unequal_upper_bounds(self):
        n = 3
        im1 = IntervalMetadata(n)
        for im in [self.im_empty, self.im_1]:
            with self.assertRaisesRegex(
                    ValueError,
                    r'not equal \(%d != %d\)' % (self.upper_bound, n)):
                im.merge(im1)

    def test_merge_to_unbounded(self):
        for im in [self.im_empty, self.im_1, IntervalMetadata(None)]:
            obs = IntervalMetadata(None)
            obs.merge(im)
            self.assertIsNone(obs.upper_bound)
            self.assertEqual(obs._intervals, im._intervals)

    def test_merge_unbounded_to_bounded(self):
        im = IntervalMetadata(None)
        with self.assertRaisesRegex(
                ValueError,
开发者ID:ElDeveloper,项目名称:biolopy,代码行数:70,代码来源:test_interval.py


注:本文中的skbio.metadata.IntervalMetadata.merge方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。