本文整理汇总了Python中simtk.openmm.app.Topology.loadBondDefinitions方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Topology.loadBondDefinitions方法的具体用法？Python Topology.loadBondDefinitions怎么用？Python Topology.loadBondDefinitions使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类simtk.openmm.app.Topology的用法示例。
在下文中一共展示了Topology.loadBondDefinitions方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: unloadStandardBonds
# 需要导入模块: from simtk.openmm.app import Topology [as 别名]
# 或者: from simtk.openmm.app.Topology import loadBondDefinitions [as 别名]
# coding=utf-8
"""Pre-configured OpenMM Topology object for use with the default protons forcefield."""
from simtk.openmm.app import Topology
import os
PACKAGE_ROOT = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
# Patch topology to unload standard bond definitions
def unloadStandardBonds(cls):
"""
Resets _standardBonds and _hasLoadedStandardBonds to original state.
"""
cls._hasLoadedStandardBonds = False
cls._standardBonds = dict()
Topology.unloadStandardBonds = classmethod(unloadStandardBonds)
Topology.unloadStandardBonds()
Topology.loadBondDefinitions(
os.path.join(PACKAGE_ROOT, "data", "bonds-amber10-constph.xml")
)