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Python GenomeInfo.getContainingChrArms方法代码示例

本文整理汇总了Python中quick.util.GenomeInfo.GenomeInfo.getContainingChrArms方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python GenomeInfo.getContainingChrArms方法的具体用法?Python GenomeInfo.getContainingChrArms怎么用?Python GenomeInfo.getContainingChrArms使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在quick.util.GenomeInfo.GenomeInfo的用法示例。


在下文中一共展示了GenomeInfo.getContainingChrArms方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: getTrackView

# 需要导入模块: from quick.util.GenomeInfo import GenomeInfo [as 别名]
# 或者: from quick.util.GenomeInfo.GenomeInfo import getContainingChrArms [as 别名]
    def getTrackView(self, region):
        assert self._origRegion == region
        allChrArmRegs = GenomeInfo.getContainingChrArms(region)
        if len(allChrArmRegs) != 1:
            raise CentromerError
        chrArm = allChrArmRegs[0]
        
        buffer = self._getIndepencyBufferSize(region)
        sourceRegs = chrArm.exclude( copy(region).extend(-buffer).extend(buffer) )
        assert len(sourceRegs) in [1,2]
        
        if not any(len(sourceReg) >= self.MIN_SOURCE_TO_SAMPLE_SIZE_RATIO * len(region) for sourceReg in sourceRegs):
            raise TooLargeBinError('Source region lengths of ' + str([len(x) for x in sourceRegs]) +
                                   ' are too small compared to region length of ' + str(len(region)) +
                                   ' according to MIN_SOURCE_TO_SAMPLE_SIZE_RATIO: ' + str(self.MIN_SOURCE_TO_SAMPLE_SIZE_RATIO))
        
        if len(sourceRegs) == 1:
            sourceReg = sourceRegs[0]
        else:
            firstSourceProportion = (len(sourceRegs[0])-len(region)) / sum(len(sourceRegs[i])-len(region) for i in range(2))
            sourceReg = sourceRegs[0] if random.random() < firstSourceProportion else sourceRegs[1]

        randOffset = random.randint( 0, len(sourceReg) - len(region) )
        start = sourceReg.start + randOffset
        end = start + len(region)
        randRegion = GenomeRegion(region.genome, region.chr, start, end)

        rawData = RawDataStat(randRegion, self._origTrack, self._trackFormatReq)
        tv = rawData.getResult()
        assert region != tv.genomeAnchor        
        return tv
开发者ID:Anderrb,项目名称:Dynamic-benchmark,代码行数:33,代码来源:RandomGenomeLocationTrack.py


注:本文中的quick.util.GenomeInfo.GenomeInfo.getContainingChrArms方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。