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Python Structure.translate_sites方法代码示例

本文整理汇总了Python中pymatgen.core.Structure.translate_sites方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Structure.translate_sites方法的具体用法?Python Structure.translate_sites怎么用?Python Structure.translate_sites使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在pymatgen.core.Structure的用法示例。


在下文中一共展示了Structure.translate_sites方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_find_match2

# 需要导入模块: from pymatgen.core import Structure [as 别名]
# 或者: from pymatgen.core.Structure import translate_sites [as 别名]
    def test_find_match2(self):
        sm = StructureMatcher(ltol=0.2, stol=0.3, angle_tol=5, primitive_cell=True, scale=True, attempt_supercell=False)
        l = Lattice.orthorhombic(1, 2, 3)
        s1 = Structure(l, ["Si", "Si"], [[0, 0, 0.1], [0, 0, 0.2]])
        s2 = Structure(l, ["Si", "Si"], [[0, 0.1, 0], [0, 0.1, -0.95]])

        s1, s2, fu, s1_supercell = sm._preprocess(s1, s2, False)

        match = sm._strict_match(s1, s2, fu, s1_supercell=False, use_rms=True, break_on_match=False)
        scale_matrix = match[2]
        s2.make_supercell(scale_matrix)
        s2.translate_sites(range(len(s2)), match[3])

        self.assertAlmostEqual(np.sum(s2.frac_coords), 0.3)
        self.assertAlmostEqual(np.sum(s2.frac_coords[:, :2]), 0)
开发者ID:dcossey014,项目名称:pymatgen,代码行数:17,代码来源:test_structure_matcher.py


注:本文中的pymatgen.core.Structure.translate_sites方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。