本文整理汇总了Python中pyicoteolib.core.Cluster.clear方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Cluster.clear方法的具体用法？Python Cluster.clear怎么用？Python Cluster.clear使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pyicoteolib.core.Cluster的用法示例。
在下文中一共展示了Cluster.clear方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_normalized_counts
# 需要导入模块: from pyicoteolib.core import Cluster [as 别名]
# 或者: from pyicoteolib.core.Cluster import clear [as 别名]
def test_normalized_counts(self):
total_number_reads = 1e7
region = Region("chr1", 1, 300)
region_bed12 = Region("chr1", 1, 300, exome_size = 200)
c = Cluster(read=BED)
for i in range(0, 5):
c.read_line("chr1 1 100")
region.add_tags(c, True)
region_bed12.add_tags(c, True)
c.clear()
self.assertEqual(region.normalized_counts(), 5.) #simple-counts
self.assertEqual(region.normalized_counts(region_norm=True, total_n_norm=True, total_reads = total_number_reads), 1.666666666666667) #rpkm
self.assertEqual(region_bed12.normalized_counts(region_norm=True, total_n_norm=True, total_reads = total_number_reads), 2.5) #rpkm with exon_size
self.assertEqual(region.normalized_counts(pseudocount=True), 6.) #with pseudocounts
self.assertEqual(region.normalized_counts(region_norm=True, total_n_norm=True, total_reads = total_number_reads, regions_analyzed=10000, pseudocount=True), 1.998001998001998)