本文整理汇总了Python中pyfasta.Fasta.items方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Fasta.items方法的具体用法？Python Fasta.items怎么用？Python Fasta.items使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pyfasta.Fasta的用法示例。
在下文中一共展示了Fasta.items方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: calc_nuc_counts
# 需要导入模块: from pyfasta import Fasta [as 别名]
# 或者: from pyfasta.Fasta import items [as 别名]
def calc_nuc_counts(fasta_filename, region_size_min,
region_size_max, verbose):
''' calculate nuc frequencies for normalization.
Returns: dict of nucleotide frequencies.
'''
nuc_counts = defaultdict(Counter)
fasta = Fasta(fasta_filename)
for chrom, seq in fasta.items():
for idx, pos in enumerate(seq):
for region_size in range(region_size_min,
region_size_max + 1):
nucs = seq[idx:idx+region_size]
if len(nucs) < region_size: continue
nuc_counts[region_size][nucs] += 1
return nuc_counts示例2: read_fa
# 需要导入模块: from pyfasta import Fasta [as 别名]
# 或者: from pyfasta.Fasta import items [as 别名]
def read_fa(fa='/Share/home/zhangqf7/gongjing/zebrafish/data/reference/transcriptome/danRer10.refSeq.transcriptome.fa'):
gj.printFuncRun('read_fa')
gj.printFuncArgs()
fa_dict1 = Fasta(fa, key_fn=lambda key:key.split("\t")[0])
fa_dict = {i.split()[0]:j[0:] for i,j in fa_dict1.items()}
print fa_dict.keys()[0:3]
gj.printFuncRun('read_fa')
return fa_dict