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Python RoiManager.getName方法代码示例

本文整理汇总了Python中ij.plugin.frame.RoiManager.getName方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python RoiManager.getName方法的具体用法?Python RoiManager.getName怎么用?Python RoiManager.getName使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在ij.plugin.frame.RoiManager的用法示例。


在下文中一共展示了RoiManager.getName方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: __displayCells

# 需要导入模块: from ij.plugin.frame import RoiManager [as 别名]
# 或者: from ij.plugin.frame.RoiManager import getName [as 别名]
	def __displayCells(self, nameimage, methodeleon=False):
		"""
		Displays all the ROIs of the cells with different colors
		
		"""
		# we define a list of colors that will be used.

		colors = []
		ncells= len(self.__dict[nameimage])
		if ncells > 0 :
			step=200/ncells
			if step<1 : step=1
			for i in range(ncells) : 
				r = random.randrange(5,205,step)
				g = random.randrange(10,210,step)
				b = random.randrange(30,230,step)
				#r = int(0+i*step)
				#g = random.randrange(10, 190, 30)
				#b = int(250-i*step)
				
				colors.append(Color(r, g, b))

		else : 	colors=[Color.blue, Color.green, Color.magenta, Color.orange, Color.yellow]
		tempcolors=list(colors)
		# we try to have random and different colors for each cell.
		for cellname in self.__dict[nameimage].keys() :
			if len(tempcolors)>0 : 
				self.__dict[nameimage][cellname].setColor(tempcolors.pop(0))
			else :
				tempcolors=list(colors)
				self.__dict[nameimage][cellname].setColor(tempcolors.pop(0))
		

		self.__SaveCells(nameimage)
		
		rm = RoiManager.getInstance()
		if (rm==None): rm = RoiManager()
		rm.runCommand("reset")

		# if the user wants to save files, .zip for the ROIs are saved.
		#if self.__optionSave == True : 
		#os.mkdir(self.__pathdir+"ROIs/", mode=0777)
		os.makedirs(self.__pathdir+"ROIs/", mode=0777)
		tempimp = IJ.createImage("tempimp", "8-bit Black", self.__dictImages[nameimage].getWidth(), self.__dictImages[nameimage].getHeight(), 1)
		tempimp.show()
		for cellname in self.__dict[nameimage].keys() :
			for numslice in range(self.__dictImages[nameimage].getImageStackSize()) :
				r = self.__dict[nameimage][cellname].getRoi(numslice)
				try : 
					name=r.getName()
				
				except AttributeError : continue

				else :
					s = "%04i" % (numslice+1)
					#name=s+"-"+name.split("-", 1)[1]
					name=s+"-cell"+name.split("cell")[1]
					r.setName(name)
					try :
						rm.addRoi(r)
						rname=rm.getName(rm.getCount()-1)
						#rm.select(self.__dictImages[nameimage], rm.getCount()-1)
						rm.select(tempimp, rm.getCount()-1)
						rm.runCommand("Rename", name)
					except TypeError : continue
					
					
				#if isinstance(self.__dict[nameimage][cellname].getRoi(numslice),Roi) == True :
				#	s = "%04i" % (numslice)
				#	#rm.add(self.__dictImages[nameimage], self.__dict[nameimage][cellname].getRoi(numslice)  ,  numslice)
				#	name=self.__dict[nameimage][cellname].getRoi(numslice).getName()
				#	name=s+name
				#	self.__dict[nameimage][cellname].getRoi(numslice).setName(name)
				#	rm.addRoi(self.__dict[nameimage][cellname].getRoi(numslice))
			rm.runCommand("Save", self.__pathdir+"ROIs/"+cellname+".zip")
			rm.runCommand("reset")
		
		tempimp.close()
开发者ID:leec13,项目名称:MorphoBactDev,代码行数:80,代码来源:BacteriaTracking.py


注:本文中的ij.plugin.frame.RoiManager.getName方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。