本文整理汇总了Python中hail.java.Env.hail方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Env.hail方法的具体用法？Python Env.hail怎么用？Python Env.hail使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类hail.java.Env的用法示例。
在下文中一共展示了Env.hail方法的10个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: parse
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def parse(string):
"""Parses a locus object from a CHR:POS string.
:rtype: :class:`.Locus`
"""
return Locus._from_java(scala_object(Env.hail().variant, 'Locus').parse(string))示例2: __init__
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def __init__(self, element_type):
"""
:param :class:`.Type` element_type: Hail type of set element
"""
jtype = scala_object(Env.hail().expr, 'TSet').apply(element_type._jtype)
self.element_type = element_type
super(TSet, self).__init__(jtype)示例3: __init__
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def __init__(self, contig, position):
if isinstance(contig, int):
contig = str(contig)
jrep = scala_object(Env.hail().variant, 'Locus').apply(contig, position)
self._init_from_java(jrep)
self._contig = contig
self._position = position示例4: _convert_to_j
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def _convert_to_j(self, annotation):
if annotation is not None:
return scala_object(Env.hail().annotations, 'Annotation').fromSeq(
Env.jutils().arrayListToISeq(
[f.typ._convert_to_j(annotation.get(f.name)) for f in self.fields]
)
)
else:
return annotation示例5: parse
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def parse(cls, string):
"""Parses a locus object from a CHR:POS string.
**Examples**
>>> l1 = Locus.parse('1:101230')
>>> l2 = Locus.parse('X:4201230')
:rtype: :class:`.Locus`
"""
return Locus._from_java(scala_object(Env.hail().variant, 'Locus').parse(string))示例6: _jrep
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def _jrep(self):
return Env.hail().stats.BetaDist.apply(float(self.a), float(self.b))示例7: _to_java
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def _to_java(self):
"""Convert to Java TextTableConfiguration object."""
return Env.hail().utils.TextTableConfiguration.apply(self.types, self.comment,
self.delimiter, self.missing,
self.noheader, self.impute)示例8: __init__
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def __init__(self):
jtype = scala_object(Env.hail().expr, 'TInterval').apply(Env.hail().variant.GenomeReference.GRCh37())
super(TInterval, self).__init__(jtype)示例9: types_rst
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def types_rst(self, file_name):
Env.hail().utils.FunctionDocumentation.makeTypesDocs(file_name)示例10: functions_rst
# 需要导入模块: from hail.java import Env [as 别名]
# 或者: from hail.java.Env import hail [as 别名]
def functions_rst(self, file_name):
Env.hail().utils.FunctionDocumentation.makeFunctionsDocs(file_name)