本文整理汇总了Python中galaxy.datatypes.registry.Registry.groom_dataset_content方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Registry.groom_dataset_content方法的具体用法？Python Registry.groom_dataset_content怎么用？Python Registry.groom_dataset_content使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类galaxy.datatypes.registry.Registry的用法示例。
在下文中一共展示了Registry.groom_dataset_content方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: dict
# 需要导入模块: from galaxy.datatypes.registry import Registry [as 别名]
# 或者: from galaxy.datatypes.registry.Registry import groom_dataset_content [as 别名]
shutil.copy(dataset.path, output_path)
else:
shutil.move(dataset.path, output_path)
# Write the job info
info = dict(
type="dataset",
dataset_id=dataset.dataset_id,
ext=ext,
stdout="uploaded %s file" % data_type,
name=dataset.name,
line_count=line_count,
)
json_file.write(to_json_string(info) + "\n")
# Groom the dataset content if necessary
datatype = Registry().get_datatype_by_extension(ext)
datatype.groom_dataset_content(output_path)
def add_composite_file(dataset, json_file, output_path, files_path):
if dataset.composite_files:
os.mkdir(files_path)
for name, value in dataset.composite_files.iteritems():
value = util.bunch.Bunch(**value)
if dataset.composite_file_paths[value.name] is None and not value.optional:
file_err("A required composite data file was not provided (%s)" % name, dataset, json_file)
break
elif dataset.composite_file_paths[value.name] is not None:
if not value.is_binary:
if uploaded_dataset.composite_files[value.name].space_to_tab:
sniff.convert_newlines_sep2tabs(dataset.composite_file_paths[value.name]["path"])
else: