本文整理汇总了Python中cogent.core.usage.BaseUsage.codons方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python BaseUsage.codons方法的具体用法？Python BaseUsage.codons怎么用？Python BaseUsage.codons使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类cogent.core.usage.BaseUsage的用法示例。
在下文中一共展示了BaseUsage.codons方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_codons
# 需要导入模块: from cogent.core.usage import BaseUsage [as 别名]
# 或者: from cogent.core.usage.BaseUsage import codons [as 别名]
def test_codons(self):
"""BaseUsage codons should return most likely codon freqs"""
b = BaseUsage({'a':3, 'T':2, 'X':1})
c = b.codons()
known = {
'AAA' : .6 * .6 * .6,
'AAU' : .6 * .6 * .4,
'AUA' : .6 * .4 * .6,
'AUU' : .6 * .4 * .4,
'UAA' : .4 * .6 * .6,
'UAU' : .4 * .6 * .4,
'UUA' : .4 * .4 * .6,
'UUU' : .4 * .4 * .4,
}
for codon in c:
if codon in known:
self.assertFloatEqual(c[codon], known[codon])
else:
self.assertEqual(c[codon], 0)