本文整理汇总了Python中Helper.Helper.isPhred33Encoding方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Helper.isPhred33Encoding方法的具体用法？Python Helper.isPhred33Encoding怎么用？Python Helper.isPhred33Encoding使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Helper.Helper的用法示例。
在下文中一共展示了Helper.isPhred33Encoding方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: __init__
# 需要导入模块: from Helper import Helper [as 别名]
# 或者: from Helper.Helper import isPhred33Encoding [as 别名]
def __init__(self,rnaEdit):
'''
Constructor
'''
self.rnaEdit=rnaEdit
"""
#check read Quality encoding and convert to phred33 quality if necessary
for i in range(len(self.rnaEdit.fastqFiles)):
if Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[i], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False:
self.rnaEdit.fastqFiles[i]=Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[i],self.rnaEdit.params.output+ "_" + str(i+1) + "_phred33.fastq",self.rnaEdit.logFile,self.rnaEdit.textField)
"""
#set fastQ files and check if the qualitys have to be converted
if self.rnaEdit.params.paired==True:
if Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[0], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False or Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[1], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False:
self.fastqFile1 = Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[0],self.rnaEdit.params.output+ "_1_phred33.fastq",self.rnaEdit.logFile,self.rnaEdit.textField)
self.fastqFile2 = Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[1],self.rnaEdit.params.output+ "_2_phred33.fastq",self.rnaEdit.logFile,self.rnaEdit.textField)
else:
self.fastqFile1=self.rnaEdit.fastqFiles[0]
self.fastqFile2=self.rnaEdit.fastqFiles[1]
elif self.rnaEdit.params.paired==False:
if Helper.isPhred33Encoding(self.rnaEdit.fastqFiles[0], 1000000, self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField) == False:
self.fastqFile1 = Helper.convertPhred64toPhred33(self.rnaEdit.fastqFiles[0], self.rnaEdit.params.output + "_1_phred33.fastq", self.rnaEdit.logFile, self.rnaEdit.textField)
else:
self.fastqFile = self.rnaEdit.fastqFiles[0]